Lolan Hedelmäsudoku alkaa pienille lapsille tarkoitetulla helpolla tasolla, jossa pelataan 3×3-hedelmäpeliä, jossa on kolme erilaista hedelmää. Vaikeammilla tasoilla taas käytetään suurempia ruudukoita ja lopulta myös numeroita, joten se tarjoaa hauskuutta ja haasteita hieman vanhemmille lapsille. Peli etenee tasolta toiselle sujuvasti, jotta se ei olisi koskaan liian vaikea pelaajalle.

Pelaajan tehtävänä on auttaa Lola Pandaa lajittelemaan hedelmät oikein vaikeusasteen mukaan. Muutaman onnistumisen jälkeen pelaaja saa ansaitun palkinnon, jonka voi käyttää pelin lopussa, kun hedelmäkauppa on valmis avattavaksi. Kuten muissakin Lola Panda -peleissä, myös Lolan Hedelmäsudokussa on erittäin selkeät ohjeet ja miellyttävä ohjaava ääni.